学校法人の会計監査｜会計監査人と私学助成の監査の違いと対象法人

学校法人の会計監査には、私立学校法に基づく会計監査人の監査と、私立学校振興助成法に基づく公認会計士または監査法人の監査（私学助成の監査）の2つがあります。どちらが必要かは、所轄庁が文部科学大臣か都道府県知事か、補助金を受けているか、会計監査人を置いているかで決まります。改正私立学校法は令和7年4月1日に施行されています。

2つの監査の違い

名前が似ているため混同しやすいですが、根拠法も、監査する人の位置づけも異なります。

会計監査人は学校法人の機関であり、評議員会で選任されます。助成法監査は、補助金を受ける法人が所轄庁へ書類を出すときの条件として、外部の公認会計士等から受けるものです。

会計監査人を置かなければならない法人

大臣所轄学校法人等は必置

私立学校法第144条第1項は、大臣所轄学校法人等は会計監査人を置かなければならないと定めています。大臣所轄学校法人等とは、文部科学大臣が所轄庁である学校法人と、事業の規模や区域が政令の基準に当たる法人です（同法第143条）。

文部科学大臣が所轄庁となるのは、私立大学・私立高等専門学校を設置する学校法人などです（同法第4条）。つまり、大学または高等専門学校を設置している法人は、会計監査人の設置義務の対象になります。

都道府県知事所轄でも対象になる基準

都道府県知事が所轄庁の学校法人でも、事業の規模や区域が政令の基準に当たると、大臣所轄学校法人等として扱われます。基準は施行令第3条にあり、次の2つです。

1. 規模の基準は、最終会計年度の経常的な収益の額が10億円以上であるか、負債の合計額が20億円以上であることです。
2. 区域の基準は、3以上の都道府県の区域に学校等を設置しているか、広域の通信制の課程を置く私立高等学校を設置していることです。

規模の基準は施行令第3条第1項、区域の基準は同条第3項に定めがあります。経常的な収益の額の計算方法などは、文部科学省令で定めるとされています（同令第5条）。

規模と区域の関係には、資料によって説明の違いがあります。私立学校法第143条の文言は「事業の規模又は事業を行う区域が政令で定める基準に該当するもの」で、施行令第3条も両者の結び方を書いていません。一方、文部科学省の研修資料と日本公認会計士協会の実務指針第44号は、規模と区域の両方を満たす法人と説明しています。この記事では断定せず、両方を書きました。区域の基準に当たる可能性がある法人は、所轄庁に確認することをおすすめします。

これらの基準に当たらない都道府県知事所轄の法人は、会計監査人の設置は任意です。置く場合は、寄附行為で会計監査人を置くことと定数を定めます（私立学校法第18条第2項、第4項）。

経過措置

既に存在していた大臣所轄学校法人等には、経過措置が設けられていました。私立学校法の一部を改正する法律（令和5年法律第21号）の附則第9条は、施行の際に現に存する大臣所轄学校法人等について、施行日以後最初に招集される定時評議員会の終結の時までは、会計監査人の必置規定（新私立学校法第144条第1項）を適用しないと定めています。

これとは別に、理事・監事・評議員の資格と構成の切り替えにも、附則第2条による経過措置があります。文部科学省の研修資料は、こちらの切り替えが令和7年度の定時評議員会の終結の時であって、令和7年4月1日ではない点に注意を促しています。会計監査人の経過措置と混同しないようにします。

私学助成の監査が必要な法人

補助金（私立学校振興助成法第4条第1項または第9条に規定するもの）を受ける学校法人は、収支予算書を作成します。そのうえで、会計監査人設置学校法人等でない法人は、計算書類とその附属明細書について、公認会計士または監査法人の監査を受けなければなりません（同法第14条第1項、第2項）。

ただし書があり、補助金の額が少額である場合に、所轄庁の許可を受けたときは監査を受けなくてよいとされています。少額の範囲について、令和6年12月9日付の文部科学省通知（6文科高第1457号）は、文部科学大臣所轄の法人について、当面、1会計年度に1学校法人へ交付される補助金が1,000万円に満たない場合として運用するとしています。知事所轄の法人は所轄庁の定めによるため、金額や許可の手続は所轄庁に確認してください。

監査を行った公認会計士等は、監査報告を作成します（同条第3項）。法人は、会計年度終了後3か月以内に、計算書類、附属明細書、翌年度の収支予算書に監査報告を添付して所轄庁に提出します（同条第4項）。会計監査人設置学校法人等の場合は、監査報告に代えて、私立学校法第86条第2項の会計監査報告を添付します。

私立学校振興助成法施行規則第2条は、所轄庁への提出に、事業活動収支内訳表、資金収支内訳表、人件費支出内訳表を添付し、人件費支出内訳表の作成に関する公認会計士等の監査報告その他所轄庁が定める書類を添えるよう定めています。

法人の状況別の整理

文部科学省の資料の整理に、条文を合わせると、次の表のようになります。

• ※ 計算書類は、会計監査人の有無にかかわらず監事の監査を受けます（私立学校法第104条第1項、第2項）。会計監査人を置く法人では、監事が会計監査人の監査の方法や結果の相当性を見ます。
• ※ 内訳表に関する監査報告などの添付書類は、助成法施行規則と所轄庁の定めを確認してください。

表の1行目は、都道府県知事所轄でも基準に当たって大臣所轄学校法人等となる法人を含みます。それ以外の知事所轄の法人は、会計監査人を置くか、補助金を受けるかで下の4行のどれかに当たります。

自法人に当てはめるときの確かめ方

次の順に確かめると、自法人にどの監査が関わるかが見えてきます。ここまでは、法人の事務局や理事・監事が、条文と所轄庁の資料で自分で確かめられる範囲です。

判断の材料として、次のように考えられます。たとえば経常的な収益が数億円で、1つの県内に学校を置き、補助金を受けている法人は、基準を超えなければ表の「会計監査人を置かない、補助金あり」の行に当たり、助成法の監査が必要です。この場合、会計監査人を置く選択をすると、助成法の監査に代えて私立学校法の会計監査と会計監査報告になります。数字は例であり、実際の判定は上の手順で行います。

自分で進めてよい範囲は、所轄庁と補助金の確認、基準の数字の確認、スケジュールの整理までです。次の場面では、公認会計士などの専門家に相談したほうがよいと考えられます。

• 規模や区域の基準の境目にあり、所轄庁の見解が分かれそうなときです。
• 会計監査人を置くか、助成法の監査のままにするかを、体制と費用の面から比べるときです。
• 初めて監査を受ける法人で、計算書類の作成から理事会承認までの日程を組み直すときです。
• 内訳表や監査報告の添付書類の整合が取れているか分からないときです。

登記が必要な手続は司法書士に、行政への届出書類の作成は行政書士にと、領域が分かれます。

実務で整理しておきたい観点

制度の判定とは別に、監査を受ける側で整理しておく点があります。

• どの書類に、どの監査報告が付くか：会計監査人を置く法人は私立学校法の会計監査報告、置かない補助金受給法人は助成法の監査報告になります。提出書類の組み合わせが変わるため、年間の提出スケジュールに反映します。
• 理事会承認との順序：計算書類は監査を受けたうえで理事会の決議による承認を受けます（私立学校法第104条第3項）。監査に必要な期間を確保できるよう、計算書類の作成を前倒しにする必要があります。
• 監事と監査人の連携：会計監査人を置く法人では、監事が会計監査人の監査の相当性を判断します。情報共有の場を、年度の初めに決めておきます。
• 監査人の選び方と契約：日本公認会計士協会は、私学法監査のみの場合と助成法監査も併せて行う場合の監査契約書の様式を公表しています。契約の範囲がどちらの監査かを、書面で確認します。

日本公認会計士協会は、非営利法人委員会実務指針第44号で、私立学校法と私立学校振興助成法に基づく会計監査の監査上の取扱いを示しています。監査人側の実務の拠り所になる資料です。

届出と登記

都道府県知事を所轄庁とする学校法人は、会計監査人が就任または退任したときに、遅滞なく都道府県知事へ届け出ます（私立学校法施行令第6条第2項）。登記が必要になる事項の手続は、司法書士の領域です。

会計監査人を置くかどうかの検討

都道府県知事所轄の法人で会計監査人が任意の場合は、置くかどうかを寄附行為で決めます。置けば、助成法第14条第2項の監査ではなく、私立学校法の会計監査と会計監査報告に切り替わります。どちらが法人の体制に合うかは、補助金の額、事務局の体制、所轄庁の運用によって異なるため、所轄庁と監査人候補の双方に確認したうえで判断します。監査報酬の水準は、一次情報で確かめられる資料がないため、ここでは触れません。

まとめ

• 会計監査人は、大臣所轄学校法人等に必置で、それ以外の法人は寄附行為で任意に置けます。
• 私学助成の監査は、補助金を受け、会計監査人を置かない法人が対象です。少額の補助金で所轄庁の許可があれば不要です。
• 改正私立学校法は令和7年4月1日に施行され、既存の大臣所轄学校法人等には、施行日以後最初の定時評議員会の終結の時までの経過措置がありました。

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